Il suo rientro in politica avvenne nell’anno 1301, facendo parte del Consiglio delle Capitudini delle dodici Arti Maggiori. Intanto Firenze era completamente di Parte Nera, di cui il maggior esponente era Corso Donati, alla quale aveva prontamente aderito. Intervenne nei Consigli della Repubblica (i cosiddetti “Consigli opportuni”). Venne incaricato di questioni molto delicate, per i vari uffici comunali.
Ancora Dino Compagni racconta cosa disse il Giudice Donato di Alberto Ristori, compagno di d’Aguglione al tempo della stesura degli “Ordinamenti di Giustizia” quando venne fatto prigioniero e condannato al supplizio, dopo il fallimento del tentativo dei fuoriusciti Bianchi del marzo 1303; “Molti di Parte Bianca e antichi Ghibellini per lunghi tempi furono ricevuti dai Neri in compagnia loro, solo per mal fare, fra quali fu Messer Baldo d’Aguglione”.
Ancora Priore dal 15 ottobre al 15 dicembre 1302, e nel 1305. Partecipò attivamente nelle deliberazioni per la guerra contro i Bianchi di Pistoia e ai lor signori i nobili Cancellieri. In quell’anno fece parte dei dodici “Sapientes e nobiles viri autori” delle provvisioni e ordinamenti per la difesa fiorentina contro l’esercito pistoiese.
Nell’ottobre dello stesso anno con altri due “Sindici” si recò a Lucca, dove dei Legati Pontifici, tentavano di comporre la guerra fra Firenze e Pistoia. Alla fine del marzo 1306, con Dardano Acciaioli si recò a Bologna per costituire una Lega con quel Comune, poi in aprile nella città emiliana fu fatta la Lega, con Lucca e Prato per sterminare una volta per tutte i Ghibellini ancora presenti nelle città toscane.
Eletto ancora una volta Priore per il bimestre 15 giugno 15 agosto di quell’anno. Nel dicembre del 1308, fu uno dei due “Sindici” per trattare la pace con i “Sindici” del Comune di Arezzo. Con la calata in Italia di Enrico VII, con l’intento di ristabilire il potere imperiale, Firenze si preparò alla guerra. Baldo, per il periodo 16 febbraio 14 aprile 1310, fece parte dei diciotto Capitani di Guerra, eletti in numero di tre per Sestiere.
Alla attività politica e diplomatica, unì quella di professionista legale. Una sua testimonianza di legale risale al periodo 1296/97, quando comparve in appello davanti al Giudice Guido da Montalcino, contro una sentenza emessa insieme a Boninsegna Beccanugi. Dai verbali dei “Consigli opportuni” ai quali partecipò insieme al suo nome appare la qualifica di “Iudex” o di “Iuriesperitus”. A lui sono affidate diverse curatele di fallimenti. In un documento si trova un “Consilium” in favore della Badia Fiorentina, per l’acquisto da ufficiali del Comune di un terreno, da parte di Spigliato da Filicaia e figli.
Nel marzo 1312, con l’avvicinarsi dell’esercito dell’Imperatore Enrico VII, Baldo con Duccio Magalotti fu incaricato di formare una Lega con le città di Lucca, Siena, Bologna e Padova alla quale aderì tempo dopo il Papa Clemente V, per combattere Enrico, che si recava nel regno di Napoli di re Roberto, da lui considerato usurpatore. I fiorentini si rinchiusero dentro le mura resistendo all’assedio per sei settimane, costringendolo a togliere l’assedio e continuare la sua marcia verso ilo sud. Una leggenda nata al tempo dell’assedio dell’Imperatore, racconta di una fuga di Baldo nel campo degli imperiali. Dichiarato ribelle, gli sarebbero confiscati tutti i suoi beni posseduti, costringendolo a ritornare sui suoi passi per avarizia. Ma a sconfessare la leggenda, c’è la sua nomina a Priore per il bimestre 15 dicembre 15 febbraio 1313.
L’Imperatore lo colloca nell’elenco dei fiorentini ribelli all’Impero. Baldus de Agullione “qui dicitur iudex”, anche se in seguito lo troviamo testimone per l’elezione dei “Sindici”mandati nel regno di Napoli ad offrire la Signoria di Firenze a Roberto d’Angiò. Per l’ultima volta viene nominato nei consigli nel settembre del 1313.
La data della sua morte è sconosciuta, forse mancò nell’anno 1314 il 19 marzo. Nello stesso giorno il Notaio Dolcibene di Chiarissimo, la moglie di Baldo, Gasdia, lo incarica di fare una ricognizione di un debito fatto dal marito, l’autorità le era stata concessa dal testamento rogato dal Notaio Albertino Campi, con indicazioni date dal defunto. Gasdia figlia di Buoso Donati, era andata in sposa a Baldo nel 1288, come risulta da un pagamento della madre Bella a favore del sensale “Giambono per la quale si maritò la Gasdia sua figliola”. Della moglie non è nota la data della morte, si crede sia sopravvissuta per molto tempo al marito.
